Investigadores de la UMU desarrollan nuevos métodos para el descubrimiento de fármacos por ordenador

Nov 19, 2011 | 20minutos

Los métodos de cribado de fármacos por ordenador (CFO) simulan el proceso de acoplamiento entre una pequeña molécula (ligando) con una proteína implicada en una enfermedad (diana). Su objetivo es, tras procesar librerías que contienen millones de compuestos químicos, descubrir un ligando que interaccione con gran intensidad con la diana de tal manera que se pueda regular convenientemente su actividad y hacer desaparecer la enfermedad.
Los mayores inconvenientes de los métodos CFO son principalmente la representación incompleta o poco realista del proceso de interacción ligando-diana y que es necesaria la disponibilidad de recursos computacionales de muy alto rendimiento (normalmente acceso a supercomputadores) para poder realizar los cálculos requeridos en un intervalo de tiempo aceptable.
Sin embargo, los investigadores Irene Sánchez, Horacio Pérez, José María Cecilia y José Manuel García del grupo de Arquitectura y Computación Paralela de la Universidad de Murcia presentan un nuevo método CFO (BINDSURF) que corrige deficiencias presentes en métodos CFO anteriores. Los resultados han sido publicado en la revista Network Tools and Applications in Biology.
Se trata del mecanismo denominado 'Bindsurf', cuyas novedades más relevantes son que no presupone la parte de la proteína en la cual interacciona ésta con cada molécula candidata a fármaco (error común que cometen muchos otros métodos), y que alcanza una potencia de cálculo del mismo orden de magnitud que un Supercomputador de última generación, como el Centro de Supercomputación de la Región.
Muchos de estos tipos de métodos suponen que todos los diversos candidatos a fármaco interaccionan siempre con la [...]

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